На 16 декември 1946 година, на Природно - математичкиот оддел, кој заедно со Историско - филолошкиот оддел го сочинувале Филозофскиот факултет, започнала работата на прватависокошколска установа во, тогаш, Народна Република Македонија. Настава се изведувала на катедрите за математика, физика, хемија, биологија, географија и етнологија. Тоа бил првиот факултет кој започнал да изведува настава на македонски јазик по Втората светска војна. Формирањето на Факултетот било од непроценливо значење и потреба во тоа време, бидејќи конечно биле остварени идеалите за основање на македонска педагошка академија. Во наредните 12 години, Природно-математичкиот оддел бил дел од Филозофскиот факултет. Тоа биле првите почетоци, кога со голем ентузијазам на најуспешните професори од Македонија, заедно со многу угледни професори од Белград, Загреб и Љубљана, биле поставени темелите на развојот на природните, математичките и општествено - хуманистичките науки во НР Македонија. Во тој ран период биле образовани голем дел од идните професори на Природно-математичкиот факултет, кои подоцна станале и главните носители на образовната и научната дејност на Факултетот. Иако материјалните и просторните услови за работа во тоа време биле прилично скромни, благодарение на несебичното залагање и на квалитетот на тогашните професори, наставата не заостанувала зад земјите со биле со многу постара високообразовна традиција.
Природно-математичкиот оддел, созревајќи кадровски, материјално и просторно, во 1958 година се одделил од Филозофскиот факултет, притоа формирајќи посебен Природно-математички факултет. Во овој период, паралелно со брзиот економски развој на државата, дошло и до брз подем во развојот на Природно-математичкиот факултет. Тоа се гледа преку бројноста на настано-научниот кадар, бројот на насоките, научните публикации, годишните зборници на институтите, збогатувањето на библиотечните фондови, научните усовршувања надвор од Републиката итн. Реформските зафати во државата во тоа време имале одраз и врз работата на Природно-математичкиот факултет, па наскоро Факултетот извесен период бил разделен на пет посебни факултети.
Меѓутоа, поврзаноста на Природно-математичките дисциплини, рационалноста во работењето, како и многубројните општи заеднички интереси на тогашните факултети, во 1985 година довеле до повторна интеграција во Природно-математички факултет. Овој период бил карактеристечен не само по реинтеграцијата, туку тоа бил период кој се одликувал со брз развој на информатичките дисциплини, брзата компјутеризација и максималното користење на сите благодети што тоа ги овозможувало во интерес на развојот на научно-образовната дејност на факултетот кој се развивал во рамките на Универзитетот „Св. Кирил и Методиј“ во Скопје.
Денес, на Природно-математичкиот факултет студираат околу 1400 студенти на сите три циклуси, работат околу 120 наставно-научни работници, кои, покрај наставата на матичниот факултет, изведуваат настава и на десетина други факултети на Универзитетот „Св. Кирил и Методиј“ во Скопје. Факултетот има соработка со над 30 држави во светот. Големиот број објавени трудови во домашни и во странски научни списанија, големиот број домашни, странски и билатерални научно-истражувачки проекти, учеството на голем број научни собири во земјата и во странство, големиот број учебници, книги, монографии, сами по себе кажуваат многу за активностите и за развојот на Природно-математичкиот факултет во изминатите децении.
